Die Therapie richtet sich nach der Schwere der Erkrankung und dem Befallsmuster im Darm. Neben lokal anzuwendenden Medikamenten muß vor allem im akutem Schub auch Kortison angewendet
werden.
Zudem kommen bei schwereren Verläufen auch Azathioprin und TNF-Alpha-Antikörper und anderer neue Immunsuppressiva in Betracht.